Департамент управління приватизацією- Департамент корпоративних фінансів
- Департамент банкрутства та припинення за рішенням власника
- Департамент оренди та розпорядження державним майном
- Департамент оцінки майна, майнових прав та професійної оціночної діяльності
- Департамент супроводження санкційного майна та майна на тимчасово окупованих територіях
- Юридичний департамент
- Департамент цифрового розвитку та ІТ
- Департамент ведення реєстрів та послуг
- Департамент внутрішнього аудиту
- Департамент економічної безпеки та ризик-менеджменту
- Департамент фінансового забезпечення та бухгалтерського обліку
- Департамент управління персоналом
- Департамент комунікацій
- Управління корпоративних прав
- Управління моніторингу та менеджменту
- Управління законодавчого забезпечення та звітності
- Управління регіональної мережі
- Управління адміністративно-господарської роботи
- Управління документального забезпечення та контролю
- Управління євроінтеграції та міжнародного співробітництва
- Управління запобігання та виявлення корупції
- Управління організаційного забезпечення роботи Фонду
- Управління підприємств агропромислового комплексу
- Режимно-секретний сектор